Synology Inc. se fundó en enero de 2000 cuando Cheen Liao y Philip Wong dejaron Microsoft para emprender un proyecto independiente. Liao era gerente de desarrollo en Microsoft Exchange Server Group, mientras que Wong era director de ventas de Microsoft en Taiwán. Los dos comenzaron a escribir un nuevo sistema operativo llamado Filer OS basado en Berkeley Software Distribution (BSD), que se usaría con el hardware Fastora NAS para crear una solución NAS.
Para integrar su software NAS estrechamente con el hardware, Synology lanzó su primera solución completa en 2004, DiskStation DS-101. Desde entonces, Synology ha crecido hasta contar con 650 empleados en todo el mundo. Liao y Wong todavía están en la empresa, con Liao como presidente de Synology America Corp. y Wong como presidente de Synology Inc.
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